FI.L.S.E. è una Società per Azioni, in house della Regione Liguria, suo socio di maggioranza, ed ai sensi della normativa comunitaria opera in qualità di organismo di diritto pubblico. Gli azionisti di FI.L.S.E. sono:

Regione Liguria

Comune di Genova

C.C.I.A.A. di Genova

Autorità Portuale di Genova

C.C.I.A.A. Riviere di Liguria – Imperia La Spezia Savona

Città Metropolitana di Genova

Autorità Portuale della Spezia

Autorità Portuale di Savona

Comune di Savona

Provincia di Savona

Provincia di Imperia

Provincia della Spezia

Comune di Imperia

Comune della Spezia