FI.L.S.E. è una Società per Azioni, in house della Regione Liguria, suo socio di maggioranza, ed ai sensi della normativa comunitaria opera in qualità di organismo di diritto pubblico. Gli azionisti di FI.L.S.E. al 31.12.2020 sono:
- Regione Liguria
- Comune di Genova
- C.C.I.A.A. di Genova
- Autorità di Sistema Portuale del Mar Ligure Occidentale
- C.C.I.A.A. Riviere di Liguria – Imperia La Spezia Savona
- Città Metropolitana di Genova
- Autorità di Sistema Portuale del Mar Ligure Orientale
- Comune di Savona
- Provincia di Savona
- Comune di Imperia
- Comune della Spezia
- FI.L.S.E. S.p.A.
Aggiornamento ad aprile 2021